ศูนย์วิจัยเศรษฐศาสตร์ประยุกต์ เริ่มก่อตั้งภายในคณะเศรษฐศาสตร์และบริหารธุรกิจเมื่อต้นปี 2517 และได้รับความเห็นชอบ จากสภามหาวิทยาลัย ให้จัดตั้งและดำเนินการภายในคณะเศรษฐศาสตร์และบริหารธุรกิจ ในการประชุมครั้งที 6/18 เมื่อวันที่ 11 กรกฎาคม 2518 โดยใช้ชื่อว่า "ศูนย์วิจัยเศรษฐศาสตร์ประยุกต์" ต่อมาศูนย์วิจัยเศรษฐศาสตร์ประยุกต์ ได้รับการบรรจุเข้าในแผนงานของสถาบันวิจัย และพัฒนาของมหาวิทยาลัยเกษตรศาสตร์ เมื่อวันที่ 30 พฤษภาคม 2528 ภายใต้ฝ่ายประสานงานศูนย์วิจัยเศรษฐศาสตร์ประยุกต์ ในปี 2535 คณะเศรษฐศาสตร์ได้เสนอศูนย์วิจัยเศรษฐศาสตร์ประยุกต์ เป็นหน่วยงานวิจัยของคณะเทียบเท่าภาควิชาในแผนพัฒนาเศรษฐกิจ และสังคมแห่งชาติ ฉบับที่ 7 แต่ไม่ได้มีการดำเนินงานต่อ ในปี 2538 ได้มีการวางระเบียบและระบบโครงสร้างของศูนย์วิจัยเศรษฐศาสตร์ประยุกต์ ใหม่

       ขณะนี้ศูนย์วิจัยเศรษฐศาสตร์ประยุกต์เป็นหน่วยงานของคณะเศรษฐศาสตร์ทำหน้าที่ในการบริหารจัดการงานวิจัยของคณะ การดำเนินงานในปัจจุบันมีการเลือกตั้งผู้อำนวยการศูนย์วิจัยเศรษฐศาสตร์ประยุกต์ทุกวาระ 2 ปีและมีการบริหารงานในรูป คณะกรรมการศูนย์วิจัยเศรษฐศาสตร์ประยุกต์ภายใต้การประสานงานของภาควิชาเศรษฐศาสตร์เกษตรและทรัพยากร ภาควิชาเศรษฐศาสตร์และภาค วิชาสหกรณ์

       ปัจจุบัน ศูนย์วิจัยเศรษฐศาสตร์ประยุกต์ ตั้งอยู่ที่ชั้น 1 และชั้น 3 อาคารอมร-ภูมิรัตน คณะเศรษฐศาสตร์ มหาวิทยาลัยเกษตรศาสตร์ วิทยาเขตบางเขน